Tietuetta poistettaessa käytetään samaa kahden tiedoston menetelmää kuin tietueen lisäyksessä.
 | Vanhaa tiedostoa luetaan ja uutta kirjoitetaan tietue tietueelta, kunnes törmätään vanhan tiedoston poistettavaan tietueeseen, joka yksinkertaisesti vain jätetään kirjoittamatta uuteen tiedostoon. |
Tämän jälkeen jatketaan kirjoittamalla kukin jäljellä oleva vanhan tiedoston tietue uuteen tiedostoon.
Periaatetta havainnollistetaan kuvassa (ks. myös animaatio):
| Poistettavan tietueen tunnistetietoja verrataan jokaiseen alkuperäisestä tiedostosta
luettuun tietueeseen; kun törmätään poistettavaan tietueeseen (kolmas nuoli
ylhäältä), se jätetään kirjoittamatta uuteen tiedostoon; poistettavia tietueita voi
olla myös useampia kuin yksi; (nuoli kuvaa tietueen kirjoittamista tiedostosta toiseen) |
| Lopuksi tehdään samat tuhoamis- ja uudelleennimeämistoimet kuten edellä tietueen lisäyksen yhteydessä. Näin uudesta tiedostosta tulee seuraavaa päivitystoimenpidettä varten uusi alkuperäinen tiedosto. |